Новый, назначенный Москвой губернатор Пермского края Виктор Басаргин, вступивший в должность в мае 2012 года, и назначенное им правительство края в том же году прекратили финансирование всех реставрационно-восстановительных работ в бывшем лагере Пермь-36.
Руководство края пыталось сорвать проведение Международного гражданского форума «Пилорама 2012», существенно сократив его финансирование. «Пилорама» состоялась лишь благодаря нашедшимся в последний момент независимым спонсорам.
Новый губернатор отказался от запланированной ранее губернатором Олегом Чиркуновым встречи с группой специалистов Ralph Appelbaum Associates, возглавляемой вице-президентом компании, сыном ее создателя Питером Аппельбаумом. Это случилось, когда делегация уже прибыла в Пермь с проектным предложением по дальнейшей музеефикации бывшего лагеря Пермь-36.
В 2013 году власти сорвали проведение Форума «Пилорама 2013», сначала вдвое сократив его бюджетное финансирование, а после того как были найдены независимые источники недостающих средств, отказались обеспечивать безопасность на Форуме, собиравшем свыше 10 тысяч участников.
В том же 2013 году Министерство культуры, втайне от руководства Мемориального музея, зарегистрировало государственное учреждение «Мемориальный комплекс политических репрессий».
Вопрос о создавшейся ситуации рассматривался на заседании Межведомственной рабочей группы по подготовке предложений, направленных на реализацию программы увековечения памяти жертв политических репрессий. Под ее давлением в декабре прошла встреча губернатора с членами Совета и Правления Мемориального музея, на которой было принято предложенное губернатором решение о совместном дальнейшем развитии музея Мемориальным центром «Пермь-36» и государственным учреждением. На госучреждение возлагались задачи текущего содержания музея и обслуживание его посетителей, а на Мемориальный центр – собирательская, научно-исследовательская, научно-просветительская, экспозиционно-выставочная и проектная деятельность.
Однако уже в мае 2014 года Мемориальный центр был полностью отстранен от музея. Госучреждение захватило все имущество АНО, находившееся в музее, – музейные фонды, архивы, научную библиотеку, экспозиции и выставки. Новыми советниками руководства госучреждения стали офицеры бывших Пермских политлагерей.